未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
成功营救药老后，重伤的萧炎被带回星辰塔闭关。得益于三千焱炎火和星辰之力的修复，沉睡了一年的萧炎终于苏醒，并晋升为斗尊。为了修复药老的本源魂气，萧炎决定前往远古时期斗圣留下的遗迹。然而，无数势力都觊觎此地的天阶斗技和斗圣骸骨，在遗迹未开启之前，已经有多方势力汇聚于此，所有人都想分一杯羹。与此同时，魂殿的威胁也迫在眉睫，萧炎唯有火中取栗，方可博得一线生机。
“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相……
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双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。
